España no sólo combatió el protestantismo con las armas, sino que se esforzó en hacerlo también en el terreno de las ideas y de la doctrina. En efecto, se emprendió una ofensiva intelectual centrada en las universidades (Salamanca, Alcalá de Henares), Ignacio de Loyola (1491-1556) fundó la Compañía de Jesús, y prosiguió la evangelización de las tierras recién descubiertas. Pero además promovió un concilio ecuménico que debía llevar a cabo la reforma interior de la Iglesia (Contrarreforma). Lo convocó Paulo III y se celebró en la ciudad italiana de Trento entre 1541 y 1563. En sustancia, y dejando aparte las innovaciones internas en materia de organización, disciplina, etc., el concilio vino a contraponer al libre examen y a la autoridad de la Biblia como fuente única en materia de fe, el magisterio de la Iglesia en la interpretación de la Escritura, su potestad para la definición dogmática y la importancia decisiva de la tradición en el establecimiento de la doctrina.